Pour mieux connaître cette biodiversité exceptionnelle, une équipe de spécialistes passionnés ont décidé d’inventorier de manière plus systématique la flore fongique de la Grande Cariçaie. Cet ambitieux programme s’est mis en place de la manière suivante :

A partir de 1980 déjà, Jean-Marie Carrard, François Ayer et François Freléchoux avaient prospecté différents milieux allant de Cheyres à Cudrefin. D’autres mycologues, les Dr. Béatrice Senn-Irlet, Heinz Wolsche et Gérard Frossard, avaient aussi prospecté occasionnellement ces sites.
En 2007, François Ayer, collaborateur scientifique (mycologie) à l’Institut fédéral de recherches WSL avait pris l’initiative, une année avant sa retraite, de contacter le Groupe de gestion de la Grande Cariçaie (aujourd’hui le Bureau exécutif de l’Association de la Grande Cariçaie) afin de mieux intégrer les champignons aux inventaires réalisés.
Depuis juin 2008, l’étude porte sur les réserves naturelles comprises entre Cheyres (FR) et Cudrefin (VD).
La fréquence des prospections mycologiques est fonction des conditions météorologiques ; elle peut atteindre un rythme hebdomadaire si les conditions sont favorables. Les récoltes sont localisées au moyen d’un GPS, l’habitat est décrit et les champignons sont photographiés dans leur habitat ou au moment de l’étude pour les petites espèces.
Une excursion sur le terrain dure une demi-journée. Elle est suivie par un travail de détermination qui peut durer deux à trois jours selon le matériel récolté. Chaque récolte fait l’objet de descriptions, de dessins, de microphotographies et de notes. Toutes les données recueillies sur les espèces étudiées sont consignées dans une base de données afin d’en assurer la conservation pour le futur.
Les champignons sont finalement séchés et conservés dans les herbiers personnels pour être déposés en temps voulu au Conservatoire du Jardin botanique de Genève (Dr. Philippe Clerc, conservateur).
La liste des macromycètes récoltés à la Grande Cariçaie est transmise périodiquement au Dr. Béatrice Senn-Irlet, responsable de la Cartographie nationale des champignons de Suisse avec toutes les informations sur la localisation, l’écologie et le statut « Liste rouge ». Ces données sont publiées en partie sur le site swissfungi.ch.
De 2008 à 2011, 353 macromycètes ont été inventoriés dont certains très rares ou très spécifiques des milieux de la Grande Cariçaie.
réserve de Cheyres : 241 espèces
réserve des Grèves d’Ostende : 93 espèces
réserve des Grèves de la Motte : 19 espèces
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